保税区进出口操作流程
进区：
1.货物到港后，凭正本提货单，白卡及相关报关资料到保税区海关申报进境备案。（申报时经营单位必须是注册在保税区内的企业，如货主非保税区注册企业，必须由保税区企业代理）。
2.保税区海关放行后，凭盖有海关放行章的正本提货单到口岸（海运）或保税区（空运）的检验检疫机关办理申报，放行后即可到口岸办理提货手续，同时，保税区海关会在白卡上予以签注。
3.车辆到港口提取保税进口货物，必须在离开港口海关监管区域前必须到口岸海关指定地点办理海关加封手续。同时承运车辆必须是海关许可的可以承运保税货物的车辆。
4.承运车辆到达保税区卡口，先办理验封、验货核销白卡后，方可将货物运至保税仓库，保税仓库凭加盖保税区海关验讫章的放行单卸货进仓，并在保税区海关系统中输入货物进仓信息，等收到海关确认信息后即可。
出口：
1.货物出口时，凭保税仓库签发的提货单、配舱回单、白卡和相关资料到保税区海关办理出口报关手续（整箱需提供箱号），保税区海关受理后会制作关封，并将相关信息输入保税区电脑系统。
2.保税仓库在收到海关出区确认信息后，即可打印保税货物出区凭单。货物出保税区卡口时，凭出区凭单办理加封手续，并仍需海关许可的车辆运输。
3.货物运抵口岸，口岸海关凭保税区海关关封办理验放手续，并在配舱回单上加盖放行章，口岸加盖放行章的配舱回单办理货物装运出口。
进口出区：
1.保税货物如在国内销售，凭保税仓库签发的提货单及区外经营单位的报关资料办理进口清关。保税区海关根据贸易方式的不同，按免税、征税的不同方式办理清关。保税区海关放行后，保税仓库在收到海关确认信息后打印出区凭单，作为货物出区凭证。
2.货物出区时，在保税区卡口办理验货手续后即可出区。

保税区基本职能方式
基于海关和外汇的特殊管理机制，保税区形成特殊的围绕四大基本功能的基本运作形式：
第1种 保税仓储等保税物流运作形式
保税区内实行“境内关外”的政策，这样一来在保税区内形成相当宽松优惠的保税政策，即货物从海外进入保税区不视同进口，只有从保税区再进口国内时才视同进口，货物从国内到保税区视同出口，这样就形成了以保税仓储为核心内容的保税物流运作形式。
三资加工贸易企业可以利用保税区的物流功能，从保税区进口原材料，将半成品或成品出口保税区，完成加工贸易手册的核销工作，将各种转厂手续变成进出口手续，从而大大提高物流效率节省物流成本，此外可以将出口的产品进行内销而没有内销比例等审批限制。
在中国采购的国际企业可以将采购出口货物的配送中心设在保税区，直接对国外市场进行货物配送，从而解决销售地高成本配送问题。
销售中国市场的进口货物可以先保税仓储在保税区内，再根据实际的销售数量和形式进行货物清关工作，一方面可以减少供应链维系的资金积压成本（海关税金占用流动资金），另一方面可以适应中国企业的不同销售形式（免税销售和完税销售）。
第2种 出口加工等加工运作形式
保税区内的加工贸易企业不实行银行保证金台帐、不实行外汇核销制度，非常有利于企业开展出口加工工作。
保税区内加工贸易企业使用的进口设备全部实行免税，不受项目内容限制和投资总额的限制。
第3种 国际贸易等贸易运作形式
中国国内目前还不允许外资独资成立单纯贸易性企业，但在保税区可以成立并可以取得一般纳税人的权利，拥有人民币帐户、可开增值税发票，实际上已经拥有在国内从事纯贸易活动的权利，这是保税区的国内贸易功能。
目前国内的贸易性公司无法从事转口贸易，但保税区内的企业有外币的现汇帐号，可以从事外币结算货物的贸易活动，实际上是拥有了国际转口贸易的功能。
保税区内的贸易性企业同时拥有国内贸易和转口贸易双重身分的权利，这就构成了保税区的贸易功能多样化形式。
第4种 商品保税展示等展示运作形式
由于保税区实行的是国际自由贸易区的模式，因此国际商品的保税展示成为一项重要的保税区功能运作形式。
从国外运往中国的货物可以在保税区内进行商品展示，可以设立相应的展览场馆，安装模拟使用国际的各种产品，这样一来非常有利于国际产品销售到中国，一方面大大降低展览成本，简化展览产品的通关手续，另一方面缩短考察的时间相应减低了国内企业的采购成本。
目前在全国的保税区内主力展示的商品为保税汽车和大型工程机械成套设备，由于这些产品国内展示成本非常高，保税区展示优势非常突出。